Die Marathonstrecke führt in zwei Runden à 21.1km durch Basel. Die historische Altstadt, der Hafen sowie drei Rheinbrücken stehen auf dem Programm. Start und Ziel aller Läufe befindet sich neu unmittelbar beim Barfüsserplatz in der Basler Innenstadt.
Die Höhendifferenz beträgt pro Runde ca 125 Meter, total also ca 250 Meter.